(ดำเนินโครงการในปี พ.ศ. 2549) การดำเนินนโยบายของรัฐบาล ณ สภาวะปัจจุบันได้ให้ความสนใจในการพัฒนาแหล่งพลังงานของประเทศมากขึ้นซึ่งเป็นไปตามสภาพการณ์ของพลังงานในโลก โดยเฉพาะประเทศไทยมีแหล่งพลังงานจากชีวมวลที่หลากหลายจำนวนมาก การดำเนินงานด้านการพัฒนาแหล่งพลังงานมีการผลักดันนโยบายด้านส่งเสริมการใช้พลังงานทดแทนอย่างแก๊สโซฮอล์ หรือไบโอดีเซล การดำเนินนโยบายดังกล่าวทำให้เกิดอุตสาหกรรมใหม่ขึ้น คือ อุตสาหกรรมเอทานอลเชื้อเพลิง เป็นที่ทราบกันดีว่ามีโรงงานผลิตเอทานอลในประเทศมานานแล้ว แต่เป็นเอทานอลสำหรับใช้ในอุตสาหกรรม เช่น เครื่องดื่ม หรือยา หรือเพื่อการส่งออก ซึ่งจำกัดจำนวนผลิตและความบริสุทธิ์ของเอทานอลสูงสุดที่ร้อยละ 95 (มีน้ำอยู่อีกร้อยละ 5) และควบคุมโดยกรมสรรพสามิตเท่านั้น แต่อุตสาหกรรมเอทานอลเป็นสิ่งที่แตกต่างออกไป เนื่องจากเป็อุตสาหกรรมที่เกิดขึ้นตามนโยบายและผลิตเพื่อใช้เป็นเชื้อเพลิงเท่านั้น
อุตสาหกรรมเอทานอลในประเทศไทยใช้วัตถุดิบการเกษตรจากกากน้ำตาลและมันสำปะหลังเป็นหลัก จากการประเมินปริมาณของวัตถุดิบอย่างคร่าวๆ ตามจำนวนโรงงานเอทานอลที่มีการขอใบอนุญาตจัดตั้งโรงงานเอทานอลเชื้อเพลิง พบว่าจะเกิดของเสีย (Waste) และผลพลอย(By-product) ได้มากมาย เช่น โรงงานเอทานอลเชื้อเพลิงขนาดกำลังการผลิตประมาณ 150,000ลิตร/วัน จะมีปริมาณน้ำจากหอกลั่นมากถึงวันละประมาณ 1,500,000 ลิตร/วัน หากโรงงานไม่มีขั้นตอนการนำน้ำกลับมาใช้ในกระบวนการผลิต น้ำจากหอกลั่นทั้งหมดจะเข้าสู่ระบบบำบัดน้ำเสียซึ่งการจัดการกับน้ำเสียวันละ 1.5 ล้านลิตร/วัน ต้องใช้พื้นที่มากหรือต้องมีการลงทุนระบบบำบัดน้ำเสียประสิทธิภาพสูงเนื่องจากปริมาณของน้ำเสียมาก โดยเฉพาะโรงงานที่ใช้กากน้ำตาลเป็นวัตถุดิบจะต้องบำบัดสีของน้ำเสียก่อนปล่อยลงสู่แหล่งน้ำสาธารณะ
ของเสียและผลพลอยได้ที่เกิดจากกระบวนการผลิตอย่างน้ำเสีย หรือกากมันสำปะหลังมีศักยภาพสูงสามารถนำมาใช้ประโยชน์เป็นสารตั้งต้นหรือวัตถุดิบสำหรับการผลิตผลิตภัณฑ์ชีวภาพอย่างแก๊สชีวภาพ หรืออาหารสัตว์ สร้างมูลค่าเพิ่มแก่อุตสาหกรรมเอทานอล หรือผู้สนใจที่จะนำของเสียและผลพลอยได้จากโรงงานเอทานอลมาใช้เป็นวัตถุดิบได้ ดังเช่นอุตสาหกรรมเอทานอลของประเทศสหรัฐอเมริกาซึ่งใช้ข้าวโพดเป็นวัตถุดิบ ในกระบวนการผลิตก่อนที่จะมีการนำข้าวโพดเข้าสู่ขั้นตอนการย่อยจะมีการแยกส่วนของน้ำมันข้าวโพด และกลูเตนซึ่งเป็นผลพลอยได้ที่มีมูลค่าสูงออกมาก่อน และของเสียจากกระบวนการกลั่นอย่างกากของเมล็ดข้าวโพดสามารถผลิตเป็นDDGS (Dried Distilleries Grain with Soluble) เนื่องจากมีคุณค่าทางโภชนาการจึงใช้เป็นส่วนผสมในอาหารสัตว์ได้สร้างรายได้ให้แก่เจ้าของโรงงานเอทานอลได้อีกทางหนึ่ง ดังนั้นแนวทางที่จะช่วยให้อุตสาหกรรมเอทานอลในประเทศสามารถแข่งขันทางการตลาดได้จึงต้องพัฒนากระบวนการผลิตการใช้ประโยชน์จากผลพลอยได้และของเสียที่เกิดจากกระบวนการหมัก และการกลั่นเอทานอลให้เกิดเป็นผลิตภัณฑ์ที่มีมูลค่าสามารถจำหน่ายสร้างรายได้แก่โรงงานผลิตเอทานอล